Berdirinya desa Mekar Jaya bermula Pada era pemerintahan presiden Soeharto program Proyek transmigrasi dilaksanakan secara besar-besaran. Pada tahun 1980 melalui proyek transmigrasi dibukalah areal pemukiman tepatnya di daerah Desa sebamban dan daerah Desa Bunati. Desa Mekar Jaya merupakan salah satu desa Transmigrasi yang mulai dibuka pada tahun 1980 yang pada waktu itu bernama KUPT Sebamban II Blok E.

Pada tahun 1987 Dinas Transimgrasi menyerahkan Areal Pemukiman Trasmigrasi Sebamban II Pada Pemerintah Daerah Tingkat II Kotabaru dan diberi nama Desa Karang Indah.

Pada tanggal 18 Januari 2008 setelah melalui proses yang panjang terbentuklah desa Persiapan Mekar Jaya Melalui Surat Keputusan Bupati Tanah Bumbu Nomor 31 Tahun 2008 sebagai hasil dari pemekaran dari Desa Induk yaitu Desa Karang Indah.

Selanjutnya pada tanggal 27 Oktober 2010 melalui Perda Tanah Bumbu Nomor 5 ditetapkan bahwa Desa Persiapan Mekar Jaya menjadi Desa Definitif yang ditindak lanjuti dengan Pemilihan Kepala Desa yang Pertama pada tanggal 19 Desember 2010.